La arquitectura interior y mecánicas se han dispuesto según el plan inicial de Echevarría o como se finalizó el instrumento.
En una parte no se había modificado como los secretos del IIM y IIIM y toda la instalación de tablones acanalados de estos teclados que supone una parte muy importante de la enorme estructura del órgano.
Los secretos están situados sobre la consola, construidos en dos piezas cada uno. Son de buena capacidad, proporcionados a los juegos que alimenta.
Órgano Mayor
Secretos de muy buena hechura construidos en pino con las correderas de nogal.
Las válvulas, muelles, hilos, pieles etc. son de hechura tradicional y muy cuidada.
En este secreto todos los registros, a excepción de los orlos y el repiano, van sobre tablones acanalados o secretillos elevados, siendo los del flautado de 26, y flautado de 13 de gran tamaño con 7 7 metros de longitud algunos.
Toda la infraestructura de tablones acanalados se ha respetado y restaurado íntegramente en su en su estado y naturaleza de origen. Se han recuperado algunos tablones pequeños que estaban desubicados.
Órgano de Respaldo
El secreto es de características muy similares al del órgano mayor y con un poco menos fondo pero igual ancho. Orden cromático de las notas.
El arca de viento está en la testa interior del secreto y su acceso es por el lado de la fachada del respaldo.
La disposición de la tubería es muy singular pues lleva el orden inverso que llevaría respecto a su fachada con la octava en el pasillo interior y la címbala hacia la fachada.
Después los tablones acanalados llevan el viento a los caños de fachada.
Todos los juegos vuelven a su posición de origen así como las entradas de aire.
Lleva cuatro juegos sobre tablones para la fachada y otro para la trompeta interior.
La Trompeta real va sobre la tapa en la que iba la Rezimbala.
