Este aspecto ha sido uno de los más intervenidos en la restauración, ya que había sufrido muchas reformas, la sustitución de los teclados, la irrupción de la mecánica del expresivo y también la modificación de la del tercer teclado.
La mecánica de notas ha recuperado el tacto que planificó Echevarría resultando ligera y sensible.
Órgano mayor en el teclado central con reducción y varillaje de tracción. La cadereta en el primer teclado igualmente con reducción pero con varillaje de empuje. El teclado superior tiene una configuración especial pues consta de reducción vertical y molinetes horizontales para el tiro del teclado de respaldo
Se ha incorporado un dispositivo de acoplamiento entre los dos teclados superiores . Se trata de un mecanismo muy sencillo que se desliza sobre las teclas del IIIM y que al avanzarlo el IIM tira del IIIM.
La mecánica de registros de la cadereta se ha reconstruido a partir de los elementos conservados de ésta, dos piezas de las bancadas una de cada mano y once hierros de forja. Estos elementos no solo han permitido la reconstrucción sin controversia de esta mecánica sino que ha situado con precisión la posición del secreto de la cadereta y todos sus accesorios.
La mecánica consta de árbol de hierro forjado biela de nogal y espada a la corredera. A la mano, tirador de nogal y pomo de Boj. En la cadereta el árbol también de hierro forjado con uña a la corredera.