Este aspecto es uno de los que ha sufrido más reformas desde la construcción del órgano, empezando por la sustitución de los teclados , toda la mecánica del expresivo y también la del tercer teclado.
Consta de un juego de tres teclados chapeados en marfil y con los sostenidos de ébano instalados por Juan Otorel en 1872. Este juego de teclados sustituye a otro que se conserva en la catedral. Así mismo todo el delantal bajo los teclados ha sido modificado para dar una alineación coherente al pedalier.
Los dos teclados superiores tienen la mecánica de tiro y tiene su salida por la cara superior de los teclados.
El primer teclado tiene la mecánica de empuje en su primer tramo y tiene su salida por debajo de los teclados hasta una batería de escuadras que hay debajo si mismo para dirigirse hacia el interior y posteriormente al cuerpo superior donde está ubicado el secreto.
El pedalier tiene los disparos hacia ambos lados del mueble donde se sitúan los secretillos y tiene una reducción para enlazar con el
primer manual.
Cuenta con dos mecanismos de enganche uno Reunión del III/II y otro de II/P estos proceden de la reforma de 1892 (seguramente).
Conserva la reducción del órgano mayor con algunos rasgos que nos permiten identificar algunas funciones como un tiro desde las contras al órgano mayor.
La mecánica de registros se conserva en su forma de origen con algunas reformas menores.
