La armonización y afinación del órgano es el último proceso de la restauración, si bien se plantea y concibe desde el inicio de los trabajos y todos ellos tienen su fin último en este aspecto. El viento, la mecánica, la restauración de la propia tubería , todo va encaminado a extraer la esencia acústica del instrumento.
De hecho la reubicación de todos estos parámetros físicos del instrumento son los que nos aproximan a su carácter primigenio y los que determinan el carácter y principios sobre los que se realizan los trabajos de armonización propiamente dichos.
A pesar de los intentos de modificar el carácter de sus voces en intervenciones anteriores la solidez de los principios sobre los que fue construido, sus materiales y ejecución han resistido en buena parte de los erráticos repintes que al retirarlos han dejado a la vista (oido) su verdadero, cálido variado colorido.
El diapasón en el que ha quedado viene determinado por la condición deseada de poderse tocar junto al órgano de la epístola por lo que solo ha sido necesario revertir los cambios sufridos en el siglo XX, especialmente el temperamento, ya que los dos órganos estuvieron en el mismo diapasón a lo largo de su historia.
El temperamento escogido ha sido el mesotónico modificado a 1/5 de coma pitagórica
